2004　事件的６年后里昂已经成为直属美国总统的特工人员，而这次的任务就是解救被绑架的美国总统的千金。里昂到达指定地点后才发现迎接他的不是友善之辈。难道６年前的一切又要重演！经过重重激战里昂终于找到了阿什莉，并且遇到了研究寄生虫的路易斯。在探知真相的时候里昂和曾经以为生离死别的ＡＤＡ重遇了，而现在的ＡＤＡ是直属与威斯克的间谍不能再向里昂表露感情，所以也是冷言相像。原来一切的一切都是塞德勒领导的邪教所研究的病毒所引发的，目的是为了威胁美国总统。最终在ＡＤＡ的帮助下里昂和阿什莉去除了身体的寄生虫并且消灭了塞德勒，ＡＤＡ也向６年前那样把枪指向里昂，这次的里昂没有像６年前那样而是把样本交给了ＡＤＡ，也许是不想重复６年前的那一幕。最终里昂带着阿什莉逃出了小岛。
2005年 事件的7年后... ...(恶化剧情,自己看,再次强调,恶化才是正统延续,不要因为是CG电影而不屑)
后续剧情 生化5 期待中...